Первое известное использование Какаши Мангекё Шаригана было против Дейдары. Однако, я думаю, что ваш вопрос заключается в том, почему он не использовал его раньше. Может быть несколько причин, почему он не использовал его или не был показан, используя его раньше.
Какаси пробудил Мангекё Шарингана, когда Рин был убит. Таким образом, он не сдержал своего обещания Обито. Следовательно, это был эмоционально болезненный момент для него, связанный как с Рин, так и с Обито. Может быть, он не хотел использовать его, так как, чтобы избежать повторения этих эмоций.
Как упоминалось в ответе Лекстера, еще одна причина заключается в том, что, будучи не-Учиха, он просто не имел достаточно выносливости, чтобы использовать его эффективно в бою. Даже после timeskip, он мог использовать его только дважды в день, и должен был отдохнуть в течение недели или около того после того, как он использовал его. До Таймскипа он отвечал за учеников на уровне генов, и он не мог рисковать получить нокаут и подвергнуть опасности своих учеников.
Также, до Таймскипа, он просто не мог бороться с негодяями, против которых он был вынужден использовать его. Он сражался только с Забудзой и Хаку во время дуги Страна волн, и безымянным шиноби из деревни Песок и деревни Саунд во время вторжения на дугу Коноха. Если бы Оротимару должен был сражаться с ним, Какаси, вероятно, был бы вынужден использовать его, но вместо этого Оротимару сражался с Третьим Хокаге.
Проиграв Утиха Итачи, Какаси, возможно, легко заставил подумать об использовании его, из-за обычной логики shounen/Naruto “Если я хочу защитить мою накаму, я должен стать сильнее”.
Также может быть пара вопросов автора, почему Какаси не могли быть показаны с использованием его раньше. Сасукэ был главным героем в то время, и его главной целью в жизни было убить Итачи. Поэтому необходимо было представить Итачи как супер сильного виллиана. Обеспечение того, чтобы Манэгёкё Шеринган был впервые упомянут при представлении Итаки, максимально увеличило бы восприятие зрителями того, насколько сильным и злым является Итаки.
Другая причина заключается в том, что не по замыслу автора Какаси уже пробудил Манэгё Шерингана, когда началась серия, и планировал предложить альтернативное объяснение того, как он пробудил его в период таймкипа. Однако, когда он начал обращаться к висячим нитям во время намотки сюжета, он решил затащить его в предысторию Обито.