Почему у Наруто есть отметины от усов?

Вообще-то, это не усы. Это отметки whisker marks, просто отметки на его лице, похожие на усы.

Да, это связано с кюуби. Когда Наруто был под влиянием Курамы до рождения, он получил отметины от усов:

Самые выдающиеся физические характеристики Наруто, однако, это отметины от усов на его лице, которые он получил от влияния Курамы на него, когда он был в утробе Кусины.

  - Naruto Uzumaki, Naruto Wiki

Причина, по которой у матери Наруто их не было, заключается в том, что они появились в результате длительного воздействия (нахождения в утробе), а не в том, что чудовище просто было запечатано в утробе носителя.

У обоих детей Наруто, Вольта и Химавари, на каждой щеке по две отметины от усов, ни одна из них не является Джинчуурики, но обе являются детьми Джинчурики Курамы, что подразумевает, что это унаследованная черта.

Наруто получил следы от усов от девятихвостой лисы, когда он был в матке своей матери, потому что они оба были в ней одновременно, и пока Наруто был в ее матке, у девятихвостых, вероятно, было немного его власти, данной Наруто.